El Templo fue construido entre 1150 y 1350 d. C por los tepoztecos de filiación xochimilca. El lugar que eligieron para erigirlo expresa la filosofía religiosa prehispánica que buscaba las alturas porque, de esta manera, estaban más cerca de sus dioses. Cabe destacar que la devoción de los pueblos motivó la construcción del santuario a pesar de su difícil acceso.
El templo formaba parte de la ciudad prehispánica de Tepoztlán. Allí se encontraron dos importantes lápidas talladas, una con el glifo del Rey Mexica Ahuízotl y otra con la fecha calendárica "10 Conejo", que corresponde al año 1502, fecha de la muerte de este personaje.
La llamada "Casa del Tepozteco", es considerada como el más famoso e importante vestigio prehispánico de la zona.