Museo de las Momias
Ubicado dentro del Panteón Municipal de Guanajuato, en el Pueblo de Rocha, por la Av. Tepetapa, en la falda sur del Cerro Trozado, es un extraordinario lugar donde se exhiben más de 100 momias exhumadas. Algunas conservan en su rostro el horror de haber sido enterradas vivas. Abierto de lunes a domingo de 9:00 a 18:00 hrs.

Casa Museo Diego Rivera
Se ubica en la calle de Positos núm. 47. Casona del s.XVIII en la cual nació y vivió el famoso muralista de quien recibe el nombre. Exhibe una colección de obras de distintas etapas pictóricas del artista y muebles de fines del s.XIX, que pertenecieron a la familia Rivera, además de exposiciones temporales. Abierto de martes a sábado de 10:00 a 19:00 hrs.

Museo del Pueblo de Guanajuato
Se ubica en calle Positos núm. 7. Construcción del s.XVII que exhibe obras de arte de los s.XVIII y XIX, donadas por los artistas José Chávez Morado y Olga Costa, además de exposiciones temporales continuas. El edificio posee una capilla churrigueresca que fue mutilada probablemente en el s.XIX. Abierto de martes a domingo de 10:00 a 17:00 hrs.

Museo de Arte Olga Costa-José Chávez Morado
Se ubica en calle Pastita núm. 158, en la que fuera la casa de los artistas. Posee una colección de óleos, nombrada por ellos mismos "Mano con Mano"; así como una colección de muebles y objetos varios de la pareja. Abierto de martes a sábado de 9:30 a 16:00 hrs.; domingos de 10:00 a 15:30 hrs.

Museo Ex Hacienda San Gabriel de Barrera
Se ubica en Paseo la Presa núm. 89 A. Se trata de una hacienda del s.XVIII con su casona colonial donde se exhiben pinturas, muebles y tapices de la misma época. Son de admirarse sus 17 jardines cultivados en distintos estilos, así como su taller de restauración. Abierto de lunes a domingo de 9:00 a 16:00 hrs.

Museo Regional de Guanajuato "Alhóndiga de Granaditas"
Se ubica en Mendizábal núm. 6. Es un edificio de gran valor histórico, escenario de los inicios de la guerra de Independencia. En sus salas se exponen importantes colecciones que narran la evolución de la sociedad mexicana desde la época prehispánica hasta nuestros días. Abierto de martes a sábados de 10:00 a 14:00 hrs. y de 16:00 a 18:00 hrs.; domingos de 10:00 a 16:00 hrs.

Museo de Sitio
Se ubica en calle Sopeña s/n, frente al Jardín Unión. Se trata de la prueba más evidente de los cambios de nivel que ha sufrido la ciudad desde su fundación, así como del estilo arquitectónico religioso que predominó durante el s.XVII. Abierto de lunes a domingo de 8:00 a 19:00 hrs.

Museo Iconográfico del Quijote
Se ubica en la calle de Manuel Doblado núm. 1. Posee una amplia colección de pinturas, grabados, dibujos, tapices, monedas, esculturas y porcelanas dedicadas al Quijote. Entre sus obras maestras se encuentran trabajos de Salvador Dalí y José Luis Cuevas. Abierto de martes a sábado de 10:00 a 18:30 hrs.; domingos de 10:00 a 14:30 hrs.