Xochimilco Posee vestigios históricos descubiertos, algunos ocultos otros. Tiene una gran variedad de piezas labradas en piedra. Las piezas arqueológicas de barro rojo asomaban como desperdicios o tepalcates en las orillas de las chinampas, el oleaje de las canoas; los molcajetes con “patas” en forma de cabezas de serpientes, cabecitas de ídolos, ranas, platos u ollas llenas de cenizas.
Labrados en piedra se han encontrado círculos estelares con figuras geométricas, figuras de animales entre otras, ajolotes, peces, lagartos, conejos, serpientes, pedestales, escudos, flechas y bustos de dioses. Fueron encontrados restos de anímales prehistóricos encontrados por obras del drenaje profundo. Desde el mes de junio de 1965 empezó a exponerse al público, en casas particulares, esa importante colección histórica.
El museo arqueológico de Xochimilco ocupa un edificio porfiriano rodeado de jardines, y a la orilla del acalote de santa cruz, donde se encontraba el “ojo de agua” o manantial. Las obras se iniciaron el 23 de septiembre de 1974. El edificio reconstruido fue entregado el día 4 de noviembre de 1985, inaugurándose como museo el 21 de noviembre del mismo año. La museografía se inició con 2441 piezas de barro y piedra según el inventario.
Al penetrar al museo encontramos al lado derecho de la entrada, en el jardín, a la piedra de Tetitla, que representa la danza de la primavera; sigue la dalia o cocoxóchitl, conocida como firma de los talladores de piedras o escultores naturales de Xochimilco.
Ahí también se encuentra la Xoloxóchitl o magnolia, flor simbólica de belleza, la flor del corazón.
Consta de dos vitrinas, donde se exhiben dos de introducción a la prehistoria, con restos de mamuts y grafitos. Una vitrina es del preclásico, y la siguiente de la cultura Teotihuacana y otra con cerámica; otras más contienen cráneos deformados.
Hay esculturas de guerreros, animales y un Tlaclitil o juego de pelota. También se admira el lienzo de Tzoqititlan o lienzo de Xochimilco, hallada en el departamento de códices del Museo de Antropología e Historia en 1978.
En la sala dos, pedestal uno, pueden admirarse seis animales, un pescado, un océlotl, un conejo, un perro, serpiente y un pelicano.
El pedestal dos lo forman monolitos de personajes y mujeres diosas, como (entéotl, diosa del maíz, en piedra granítica de color blanquecino, localizado en la Noria, cuyo cerro de Xilotepec recuerda a la diosa Xonen, o diosa del maíz tierno.
El pedestal tres tiene elementos arquitectónicos que formaron parte de construcciones oficiales y privadas.
